コントローラーのボタン配置はできますか。

はい、できます。下記のようにしてください。
①ゲーム中にクイックメニューをコールする。
②クイックメニューの一番下にある「コントロール」から設定画面に入る。
③配置を変更した後、設定画面の一番上にある「コアリマップファイルを保存」を選択したら、同じ機種のすべてゲームは同じ配置になる。「ゲームリマップファイルを保存」を選択したら、現在動作中のゲームに設定は保存される。